Představte si dokumenty úhledně poskládané v šanonech. A pak si těch šanonů představte velké množství. Ještě přidejte. Musí jich být opravdu hodně – tolik, aby naplnily několik milionů místností. Každý má perfektně popsaný svůj obsah a kdybyste byli schopní se pohybovat hodně rychle, tak okamžitě najdete, co hledáte. Zhruba to je databáze DNAnexus.

Obsahuje informace o tom, za jakých podmínek vznikla nějaká nemoc, jaké všechny predispozice měli lidé, které postihla. Dá se vyzkoumat, co k ní vedlo. Nebo jaké vlastnosti vykazovalo tělo, které naopak neonemocnělo. A tedy najít látku, která nemoci zabránila. Obrovský projekt sbírá, schraňuje a kombinuje data odborných medicínských institucí, která mění způsob, jakým nahlížíme na nemoci a jakým je léčíme. Podstatná část se vyvíjí v Česku.

„Což opravdu znamená, že se v tuzemsku připravují projekty světového významu,“ říká Martin Bednář, který DNAnexus v Česku řídí. To on má na starosti velkou část vývoje obrovského projektu, jehož základy jsou ve Spojených státech, ale který roste z Prahy. A on je zároveň důvodem, proč to tak je. Byl jedním z prvních zaměstnanců ve firmě a dokázal přesvědčit její zakladatele, že Česko je tím nejlepším místem, kde by vývoj měl probíhat.

Dnes je v DNAnexusu asi dvě stě padesát lidí. V Česku se schází kolem šedesátky zaměstnanců a spolupracovníků, což sice ještě nepředstavuje většinu technologických pracovníků firmy, ale Praha se už tak stala významným technologickým článkem ve firmě. Objevují se tu specialisté na cloudový software i pokročilí bioinformatici, biochemici, biologové.

„Ukázalo se, že Česká republika je v rámci Evropy ideální lokalitou, která, podobně jako Silicon Valley, přitahuje experty ve svém oboru s podnikatelským smýšlením,“ chválí si John Ellithorpe, prezident firmy, který spolu s Bednářem u vzniku pražské pobočky stál.

DNAnexus zjednodušeně řečeno obstarává obrovské množství dat o lidech a nemocech. Nejsou to informace, které by spojovali s konkrétními lidmi. Ale jsou to cenné zdroje stavů, příčin a následků. Byť třeba v jednu chvíli nejsou všechny čitelné. Ale když se správně ptáte, najdete odpověď – nebo si alespoň významně urychlíte cestu k ní.

„S daty z populace se dají dělat úžasné věci. Je jich hodně a jsou to často zdravotnická data, takže je třeba je v nějakých podmínkách mít a udržovat. A jejich různá kombinace se dá používat na různé věci,“ popisuje Bednář s tím, že můžou zásadně urychlovat diagnostiku, léčbu závažných onemocnění i globální spolupráci vědců pro rozvoj precizní medicíny.

Pokud máte konkrétní informace o zdravotním stavu lidí, dokážete vytvořit lék s lepším účinkem. Když by třeba farmaceutická společnost chtěla najít lék na srdeční choroby, může hledat, kdo má predispozice k vysoké hladině cholesterolu, ale nemá vysoký cholesterol. A na základě toho u těchto lidí hledat anomálie, podle nichž pak může zaměřit nová léčiva. To stojí miliardy.

Anebo se může na něco takového „zeptat“ databáze uložené v cloudu. „Budoucnost je ve zpracování dat. Každý velký hráč bude potřebovat takovou platformu, jako je ta naše,“ myslí si Bednář. Valuace firmy se má podle odhadu Bloombergu pohybovat kolem 600 milionů dolarů.

Hledání chyby na tapetě

DNAnexus byla založena v roce 2009. „Ten začátek je tak trochu jako vtip,“ říká Martin Bednář. „Takový ten klasický startupový,“ dodává. „Tedy – potkají se tři Evropani a založí v Americe startup…“ usmívá se. Původní tři zakladatelé se sešli na Stanfordu. A byli to profesor z Německa, kolega z Turecka a jejich postdoktorand s korejskými a německými kořeny.

Bednář nastoupil mezi prvními dvaceti zaměstnanci okamžitě si myslel, že jde o projekt s velkým potenciálem. Pracoval v Kalifornii jako šéf UX a designu a pak jako produktový manažer. Postupně ale začal toužit po návratu do Evropy a přemýšlel, jak firmě pomoct odsud. Nakonec se dohodli na vytvoření pobočky, která obstará průnik IT a zdravotnictví.

Bavíme se v jejích kancelářích. Jsme v místnosti, jejíž část zdobí tapeta s chemickými vzorečky. A na jednom místě je vzoreček opravený. „To tady ve volných chvílích hledají chyby,“ usmívá se Bednář. Počet zdejších pracovníků dlouhodobě rychle roste a má to tak být i do budoucna.

Jako růst TikToku. Nebo astronomických dat

DNAnexus má aktuálně asi 50 petabajtů dat. Když bychom takové množství měli k něčemu přiblížit, napočítali bychom objem dat desítek milionů telefonů nebo tabletů. Množství dat dál rychle roste. Jejich objem se z roku na rok zdvojnásobí. Zvyšuje se jak počet firem, který projekt využívají, tak i množství způsobů, jakými je využívají.

„Kdysi jsem to porovnával s YouTubem nebo TikTokem. Není to úplně nesrovnatelné. Zřejmě není rychleji rostoucích dat než u zpracování těch produkovaných současnou biologií. Možná jen ta z astronomie,“ říká Bednář.

Platforma umí nejen zpracovat obrovské množství dat, ale taky je na jednom místě propojit. A pak na ně dosáhnout. Poskytuje tak výzkumným a klinickým týmům po celém světě možnost data sdílet, analyzovat je a jinak je zpracovávat.

V současné době pomáhá víc než dvanácti tisícům uživatelů ve čtyřiceti osmi zemích světa. Mezi její zákazníky patří sedm z deseti největších farmaceutických společností a osm z deseti největších diagnostických firem světa.

K největším zákazníkům patří společnosti, které se zaměřují na prenatalní screening neboli detekci vrozených poruch před narozením. Nebo včasnou detekci rakoviny. Z krve lze zjistit, jestli má plod těhotné ženy dědičnou chorobu. Nebo jestli má pacient v těle rakovinu.

Důležitá je pro firmu spolupráce s rozsáhlou biomedicínskou databází UK Biobank. Ta zapojuje půl milionu dobrovolníků do dlouhodobé studie, jejímž cílem je objasnit vliv genetiky na lidské zdraví a pomoci výzkumníkům zlepšit prevenci, diagnostiku a léčbu řady závažných a život ohrožujících onemocnění.

DNAnexus využívá i americká vláda pro cloudovou platformu umožňující skrze sdílená data a nástroje spolupráci výzkumných pracovníků a recenzentů, ale i sponzorů ze soukromého sektoru. Projekt získal také tříletou smlouvu s britskou společností Our Future Health, která hodlá shromáždit genetická data od více než pěti milionů zdravých dobrovolníků. Cílem je mimo jiné rozvíjet precizní medicínu, tedy léčbu na základě genetického profilu pacienta.

„Umožnit výzkumným pracovníkům pracovat s daty účastníků programu bezpečně a kontrolovaně je nesmírně důležité a pro Our Future Health to představuje nejvyšší prioritu,“ říká Andrew Roddam, mezinárodně uznávaný epidemiolog a CEO projektu „Jsme nadšeni, že tento ambiciózní výzkumný zdravotnický program, největší svého druhu, bude využívat pro analýzu biomedicínských dat naši platformu,“ doplňuje Richard Daly, CEO DNAnexusu.

Nakonec se dostanou do celého světa

Studie podobného významu jsou nyní podle Bednáře standardem po celém světě. I v Česku se takové snahy objevují. Řadí se mezi ně třeba i česká iniciativa Analýza českých genomů pro teranostiku (A-C-G-T) usilující o zisk genetického profilu od tisícovky dobrovolníků.

„Vidíme, že zdravotnictví se fundamentálně mění. To, jakým způsobem používáme data pro prevenci, diagnostiku a léčbu. A my věříme, že můžeme přispět k tomu, jakým způsobem se k datům odborníci dostanou,“ představuje si Bednář.

Objem informací tu rychle roste. Ale to, co se z nich dá vyčíst, je stále na začátku, myslí si Bednář. Technologie potřebné k jejich zpracování jsou zajímavé právě dnes, dodává.